摘要： 為研究脂肪酸不飽和度對(duì)低階煤浮選的影響,選擇碳原子個(gè)數(shù)相同但雙鍵個(gè)數(shù)依次增加的油酸、亞油酸和亞麻酸作為浮選捕收劑對(duì)低階煤進(jìn)行浮選,并與非極性捕收劑柴油進(jìn)行對(duì)比,通過顆粒-氣泡間粘附力測(cè)試和藥劑吸附的分子動(dòng)力學(xué)模擬,揭示了不飽和脂肪酸強(qiáng)化低階煤浮選的作用機(jī)制.結(jié)果表明,不飽和脂肪酸的浮選性能優(yōu)于柴油,低階煤浮選產(chǎn)率隨脂肪酸不飽和度增加而增加.采用掃描電鏡(SEM)、傅里葉變換紅外光譜(FTIR)和X射線光電子能譜(XPS)對(duì)低階煤表面形貌和官能團(tuán)進(jìn)行分析.SEM結(jié)果表明,低階煤表面疏松,含有大量孔隙與裂隙,不利于藥劑在煤表面的鋪展.FTIR和XPS結(jié)果表明低階煤表面含有大量含氧官能團(tuán),表面疏水性較差,導(dǎo)致浮選回收率較低.對(duì)不同捕收劑條件下氣泡與煤表面粘附力進(jìn)行測(cè)定,發(fā)現(xiàn)氣泡與煤表面間最大粘附力隨捕收劑不飽和程度增加而增加,這說明顆?？筛⌒栽黾?進(jìn)一步對(duì)不飽和脂肪酸吸附的分子動(dòng)力學(xué)模擬進(jìn)行分析,可知不飽和脂肪酸通過其極性基團(tuán)與煤表面極性基團(tuán)間形成氫鍵,從而在煤表面鋪展.雙鍵個(gè)數(shù)增加使得不飽和脂肪酸極性增加,在煤表面的鋪展程度逐漸增加,導(dǎo)致顆?？筛⌒栽黾?這是低階煤浮選回收率隨脂肪酸不飽和程度增加而增加的主要原因.

摘要： 基于分子動(dòng)力學(xué),利用LAMMPS和OVITO軟件對(duì)單晶硅納米切削過程進(jìn)行模擬,研究了V形微溝槽結(jié)構(gòu)對(duì)金剛石刀具切削性能的影響。結(jié)果表明,在金剛石刀具后刀面構(gòu)建一定深度的V形微溝槽能夠減少工件亞表面損傷,同時(shí)也對(duì)工件加工質(zhì)量及刀具抗磨損性能產(chǎn)生了明顯影響,當(dāng)微溝槽深度為0.75 nm時(shí),金剛石刀具切削性能最佳。

摘要： 固體電解質(zhì)界面(solid electrolyte interphase,SEI)是電池中“最重要也是最不被理解”的部分?？煽睾铣尚阅軆?yōu)異的SEI是實(shí)現(xiàn)高能量密度電池的關(guān)鍵技術(shù)之一。但是,由于SEI的形成過程涉及到多個(gè)時(shí)間和空間尺度,并且涉及到多場(chǎng)耦合,導(dǎo)致SEI結(jié)構(gòu)異常復(fù)雜?，F(xiàn)有實(shí)驗(yàn)表征手段無法精確解析其微觀結(jié)構(gòu)和形成機(jī)制。近年來,高速發(fā)展的多尺度理論模擬,為理解和解析SEI結(jié)構(gòu)提供了強(qiáng)有力的新手段。本文總結(jié)了近年來針對(duì)SEI研究發(fā)展出來的關(guān)鍵模擬技術(shù),重點(diǎn)關(guān)注微-介觀(<100 nm)尺度的理論模擬方法,特別是可以用于電化學(xué)模擬的量子化學(xué)方法、可用于大尺度化學(xué)反應(yīng)模擬的反應(yīng)力場(chǎng)方法以及數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的機(jī)器學(xué)習(xí)模型等。這些新技術(shù)可以有效地解決傳統(tǒng)模擬方法中存在的準(zhǔn)確性低、時(shí)間尺度短以及空間尺度有限等問題,在可以預(yù)見的將來,在研究SEI形成的初始反應(yīng)、動(dòng)態(tài)演化以及功能預(yù)測(cè)等方面將發(fā)揮越來越重要的作用。隨著計(jì)算機(jī)硬件水平的不斷提升、理論模擬算法的穩(wěn)步提高,多尺度理論模擬將為高能量密度電池的理論設(shè)計(jì)和智能制造提供強(qiáng)有力的理論基礎(chǔ)。

摘要： 針對(duì)現(xiàn)有重油穩(wěn)定性預(yù)測(cè)指數(shù)存在的精確性不足以及高相對(duì)分子質(zhì)量物質(zhì)的極性溶解度參數(shù)難以獲得的問題,使用分子動(dòng)力學(xué)模擬方法計(jì)算12組比例的徑向分布函數(shù),并結(jié)合S_(SARA)函數(shù)提出新的重油穩(wěn)定性預(yù)測(cè)指數(shù)計(jì)算方法。由徑向分布函數(shù)圖像峰值與原點(diǎn)構(gòu)成的正比例函數(shù)的斜率倒數(shù)表征重油穩(wěn)定性大小,計(jì)算出S_(SARA)函數(shù)中a、b、c常數(shù)數(shù)值,得到a、b、c數(shù)值分別為0.4487、0.0093、-0.5012。設(shè)置6組檢驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行徑向分布函數(shù)、CⅡ指數(shù)以及S_(SARA)值計(jì)算。結(jié)合徑向分布函數(shù)圖像以及CⅡ指數(shù)數(shù)值,對(duì)比新S_(SARA)指數(shù)發(fā)現(xiàn)新S_(SARA)指數(shù)預(yù)測(cè)結(jié)果與徑向分布函數(shù)計(jì)算結(jié)果以及CⅡ指數(shù)數(shù)值表征的重油穩(wěn)定性大小趨勢(shì)一致,證明此式在進(jìn)行重油穩(wěn)定性預(yù)測(cè)理論上可行。

摘要： 瀝青的熱氧老化導(dǎo)致其極易變硬變脆,從而引起瀝青材料的開裂和防水性能降低。摻加木質(zhì)素是一種潛在的瀝青抗老化方法。為揭示木質(zhì)素對(duì)瀝青老化特性的影響及機(jī)理,采用ReaxFF反應(yīng)力場(chǎng)分子動(dòng)力學(xué)方法對(duì)基質(zhì)瀝青和木質(zhì)素改性瀝青的老化行為進(jìn)行了模擬。對(duì)老化體系中總分子數(shù)目和C-O、H-O、S-O等化學(xué)鍵數(shù)目的統(tǒng)計(jì)分析表明,氧氣充足時(shí)木質(zhì)素分子通過加快瀝青分子的擴(kuò)散速率而增加它們與氧氣接觸頻率,從而加速瀝青老化;當(dāng)氧氣不足時(shí),木質(zhì)素分子則通過酚羥基捕捉自由基,進(jìn)而阻止瀝青氧化反應(yīng)的發(fā)生。

摘要： 相變材料可以顯著提升瀝青的調(diào)溫能力,減少路面溫度病害。為從分子層面研究相變材料對(duì)瀝青力學(xué)性能及調(diào)溫能力的影響,通過分子動(dòng)力學(xué)模擬技術(shù)對(duì)瀝青四組分(飽和分、芳香分、膠質(zhì)、瀝青質(zhì))建模,使用四組分平均分子結(jié)構(gòu)模型構(gòu)建了瀝青分子結(jié)構(gòu)模型并驗(yàn)證了其可靠性;進(jìn)一步構(gòu)建了瀝青與相變材料共混體系模型,并對(duì)共混體系與瀝青體系的力學(xué)性能參數(shù)、擴(kuò)散系數(shù)、內(nèi)聚能密度等參數(shù)進(jìn)行對(duì)比。研究結(jié)果表明:通過瀝青四組分平均分子結(jié)構(gòu)“組裝”的瀝青分子模型具有合理性,能夠真實(shí)體現(xiàn)瀝青材料特性;相變材料的加入使得瀝青體系的力學(xué)參數(shù)在一定程度上都有所提高,其中:體積模量提高了約36%,剪切模量提高了約17%,彈性模量提高了約8%;相變材料能提高瀝青質(zhì)的擴(kuò)散速度,但對(duì)膠質(zhì)、芳香分、飽和分的擴(kuò)散能力有一定的削弱作用;相變材料使得瀝青體系的內(nèi)聚能密度增大,瀝青的熱穩(wěn)定性得到加強(qiáng);相變材料可以使瀝青在吸收相同能量的情況下溫度變化更小,有效發(fā)揮了對(duì)瀝青溫度的調(diào)控作用。

摘要： 為了研究梯度硝基球扁藥中硝化甘油(NG)的遷移現(xiàn)象及其對(duì)燃燒性能的影響,本研究通過分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算5°C、25°C、50°C、70°C下NG在NC體系中的擴(kuò)散系數(shù);并將不同條件下制備的梯度硝基球扁藥放在70°C的水浴烘箱里老化7d、14d、21d、28d,通過密閉爆發(fā)器試驗(yàn)探究其燃燒性能。結(jié)果表明:NG在5°C、25°C、50°C、70°C下的擴(kuò)散系數(shù)分別為8.47×10^(-11)m^(2)·s^(-1)、9.52×10^(-11)m^(2)·s^(-1)、15.1×10^(-11)m^(2)·s^(-1)、17.03×10^(-11)m^(2)·s^(-1);老化并不會(huì)對(duì)梯度硝基球扁藥的結(jié)構(gòu)產(chǎn)生影響;由于NG的遷移存在一個(gè)平衡的問題,因此分子動(dòng)力學(xué)模擬的NG的遷移結(jié)果僅能反映梯度硝基球扁藥中NG的擴(kuò)散達(dá)到平衡之前的遷移現(xiàn)象。

摘要： 為從微觀角度分析不同電場(chǎng)強(qiáng)度對(duì)環(huán)氧樹脂結(jié)構(gòu)的影響,采用分子動(dòng)力學(xué)模擬方法,建立了以雙酚A二縮水甘油醚為基體、甲基四氫苯二甲酸酐為固化劑,交聯(lián)度為90%的分子模型。研究結(jié)果表明:電場(chǎng)強(qiáng)度(E)對(duì)環(huán)氧樹脂的自由體積分?jǐn)?shù)、分子能量、玻璃化轉(zhuǎn)化溫度和彈性模量均有顯著的影響。自由體積分?jǐn)?shù)隨著電場(chǎng)強(qiáng)度的增加而增加,E1×10^(6) V/m時(shí)體積分?jǐn)?shù)增幅縮小。分子勢(shì)能和總能量在E1×10^(9) V/m時(shí),隨著電場(chǎng)強(qiáng)度的增加,呈現(xiàn)大幅度降低趨勢(shì)。玻璃化轉(zhuǎn)變溫度隨著電場(chǎng)強(qiáng)度的增加呈現(xiàn)先降低后增加的趨勢(shì),E=1×10^(6) V/m時(shí)和1×10^(10) V/m分別達(dá)到最小值473.5 K和最大值523.3 K。彈性模量隨著電場(chǎng)強(qiáng)度的增加呈上升趨勢(shì),高電場(chǎng)強(qiáng)度將導(dǎo)致材料剛性增加、脆度提升,老化更加嚴(yán)重。

摘要： 在制備過程中,石墨烯的缺陷是十分常見的,這些缺陷對(duì)石墨烯的彈性性能具有很大的影響?；?font color="red">分子動(dòng)力學(xué)模擬的方法,研究了空位缺陷的位置、形狀以及原子缺失率對(duì)石墨烯楊氏模量的影響。結(jié)果表明,單空位缺陷的位置對(duì)石墨烯楊氏模量有一定的影響,當(dāng)施加應(yīng)力方向與邊緣缺陷的截面方向相同時(shí),邊緣缺陷比中間缺陷使得石墨烯的楊氏模量下降更少;映射橫向長(zhǎng)條狀缺陷、映射縱向長(zhǎng)條狀缺陷、映射圓孔狀缺陷和隨機(jī)缺陷都使得石墨烯楊氏模量隨著原子缺失率的增大而減小。對(duì)于映射圓孔狀缺陷和隨機(jī)缺陷,鋸齒型石墨烯楊氏模量減小的幅度與扶手型的減小幅度相差不大。對(duì)于映射橫向長(zhǎng)條狀缺陷和映射縱向長(zhǎng)條狀缺陷,鋸齒型和扶手型石墨烯楊氏模量的減小幅度相差較大,這與石墨烯的手性矢量方向和條狀缺陷方向是否一致有關(guān)。

摘要： 以3種烷基咪唑類酸性離子液體與硫酸組成的復(fù)合催化劑取代純硫酸作為三聚甲醛合成的催化劑。結(jié)果表明,在相同反應(yīng)條件下,硫酸/1-乙基-3-甲基咪唑硫酸氫鹽([EMIM][HSO_(4)])作為催化劑時(shí),產(chǎn)物三聚甲醛的平衡濃度可以提高17%。分子動(dòng)力學(xué)模擬研究表明,[EMIM][HSO_(4)]可以改變反應(yīng)體系粒子間微觀結(jié)構(gòu)。加入[EMIM][HSO_(4)]后,會(huì)改變體系的擴(kuò)散行為,減弱水合氫離子與硫酸氫根離子之間的相互作用,增大硫酸氫根離子與水分子之間的相互作用。從理論上解釋了硫酸/[EMIM][HSO_(4)]改善三聚甲醛合成反應(yīng)的原因。

摘要： 納米孔隙是頁巖油在頁巖儲(chǔ)層內(nèi)的重要流動(dòng)空間.干酪根和石英分別作為頁巖有機(jī)質(zhì)和無機(jī)質(zhì)的主要組成,有必要開展頁巖油在其納米孔隙內(nèi)的流動(dòng)研究.本文構(gòu)建了包含非極性和極性組成的頁巖油分子、具有表面粗糙度的干酪根納米孔和表面羥基化的石英納米孔模型,分別參照實(shí)驗(yàn)對(duì)各模型進(jìn)行了驗(yàn)證.基于非平衡分子動(dòng)力學(xué)模擬方法,對(duì)比了頁巖油在兩種納米孔隙內(nèi)的流動(dòng)規(guī)律,分析了孔隙壁面對(duì)頁巖油的相互作用力,研究了壓差、孔隙尺寸和溫度對(duì)流動(dòng)的影響.結(jié)果表明:在低壓差下,頁巖油流量增速緩慢,兩種孔隙內(nèi)的流量基本相等;隨著壓差增大,流量增速變大,石英孔隙內(nèi)的流量有明顯突增;在高壓差下,流量增速放緩,石英孔隙內(nèi)的流量高于干酪根孔隙.這是由于頁巖油在兩種孔隙內(nèi)與壁面的相互作用不同,且具有不同的流態(tài).在干酪根孔隙內(nèi),未發(fā)現(xiàn)正滑移;在石英孔隙內(nèi),高壓差下具有正滑移,且滑移長(zhǎng)度隨孔隙尺寸減小而增大.文章基于更加真實(shí)的分子模型,研究納米尺度頁巖油流動(dòng)規(guī)律,這是弄清頁巖油宏觀滲流特征的基礎(chǔ),對(duì)實(shí)現(xiàn)頁巖油高效開發(fā)具有重大意義.

摘要： 大規(guī)模的計(jì)算模擬可以為Ⅱ型糖尿病的藥物設(shè)計(jì)提供精準(zhǔn)的分子動(dòng)力學(xué)信息.高性能計(jì)算云作為云計(jì)算中IaaS(Infrastructure as a Service)的一種延伸拓展,將計(jì)算作為一種服務(wù)提供給用戶,為開展分子動(dòng)力學(xué)模擬這種計(jì)算密集型任務(wù)提供可靠的解決方案.本文在阿里云云計(jì)算平臺(tái)上通過對(duì)不同大小的胰高血糖素樣肽-1受體蛋白(GLP-1R)分子體系進(jìn)行基于NAMD的分子動(dòng)力學(xué)模擬,研究GLP-1R蛋白和配體的精細(xì)動(dòng)態(tài)相互作用,并根據(jù)模擬結(jié)果對(duì)NAMD在CPU多核同構(gòu)和CPU+GPU異構(gòu)架構(gòu)下云主機(jī)的性能及對(duì)分子模擬應(yīng)用的瓶頸進(jìn)行比較和分析.該模擬結(jié)果不僅對(duì)研究者采用高性能計(jì)算云來開展大規(guī)模分子模擬具有一定的借鑒,而且對(duì)設(shè)計(jì)具有靶向性的Ⅱ型糖尿病藥物也具有參考價(jià)值.

摘要： 隨著石油工業(yè)的發(fā)展以及全球?qū)κ托枨罅康脑龃?頁巖油資源成為了勘探開發(fā)的重點(diǎn)領(lǐng)域,研究頁巖油的賦存特征對(duì)頁巖油的資源評(píng)估,勘探開發(fā)等具有重要意義.本文利用分子動(dòng)力學(xué)模擬的方法,研究了頁巖油在納米級(jí)石英狹縫中和石墨烯狹縫中的吸附特征.在COMPASS力場(chǎng)下模擬了355K,18MPa(松遼盆地青山口組Ro=0.9 %時(shí)的地質(zhì)條件)條件下，混合烴分子在納米狹縫的吸附行為，分析了烴類分子的混合物和各組分烴分子在納米級(jí)石英狹縫和石墨烯狹縫中的吸附密度特征，以及溫度對(duì)石墨烯狹縫中油吸附密度的影響。

摘要： 在20世紀(jì)80至90年代,研究者們發(fā)現(xiàn)海洋沉積物轉(zhuǎn)變?yōu)槌练e巖的過程中Ne富集以及Kr-Xe被保留的現(xiàn)象.現(xiàn)代海洋沉積物樣品通常由生物骨骼的無定型二氧化硅組成,顯示絕對(duì)的F(Ne)虧損和絕對(duì)的F(Kr)-F(Xe)富集.因?yàn)闊o定型二氧化硅的脫水和重結(jié)晶作用,所以石灰石巖層采集的生物成因硅石樣品F(Kr)-F(Xe)富集程度發(fā)生變化.從沉積物的疏松結(jié)構(gòu)到生物成因硅石的致密結(jié)構(gòu)，必然經(jīng)歷稀有氣體在納米級(jí)孔徑中的傳輸，因而關(guān)鍵的科學(xué)問題是:溶解的稀有氣體與無定型二氧化硅在納米孔徑下是否存在界面相互作用;結(jié)合成巖過程判斷Ne是如何富集以及Kr-Xe如何被保留。

摘要： 黏土礦物表面潤(rùn)濕性對(duì)常規(guī)油氣和非常規(guī)油氣的開采以及蓋層封蓋能力有著重大影響.通過各種技術(shù)將富含黏土礦物的儲(chǔ)集層巖石的表面潤(rùn)濕性由親油性轉(zhuǎn)變?yōu)橛H水性,能有效降低儲(chǔ)層對(duì)原油的吸附,從而提高原油采集率.油氣蓋層通常為低滲透性頁巖,而頁巖的重要組成礦物為黏土礦物,如高嶺石、蒙脫石、伊利石等.黏土礦物表面潤(rùn)濕性不僅顯著影響儲(chǔ)集層原油的開采效率,還深刻影響頁巖蓋層的封蓋能力.此外,資源潛力巨大的非常規(guī)頁巖油氣的開采也與黏土礦物表面潤(rùn)濕性密切相關(guān).

摘要： 辛基酚聚氧乙烯醚(OPEO)表面活性劑是常用的非離子型表面活性劑,可以顯著降低油水體系的界面張力.此文選擇醋酸乙烯酯/水體系,通過改變表面活性劑中聚氧乙烯醚鏈的長(zhǎng)度,采用MS軟件中的分子動(dòng)力學(xué)(MD)模擬方法,在常溫常壓下對(duì)油/表面活性劑/水體系的界面生成能、界面厚度等指標(biāo)進(jìn)行表征,結(jié)果表明:聚氧乙烯醚鏈長(zhǎng)度為12時(shí)表面活性劑的界面生成能較高,降低醋酸乙烯酯/水體系界面張力的能力較好.

摘要： 近年來連鑄工藝推動(dòng)了我國鋼鐵產(chǎn)業(yè)迅速發(fā)展,而連鑄工藝的迅速發(fā)展也使得對(duì)保護(hù)渣的研究更加深入.本實(shí)驗(yàn)利用Scigress分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件,分析不同CaF2含量對(duì)CaO-SiO2-CaF2渣系熔體的影響.實(shí)驗(yàn)表明隨著CaF2含量的變化,Ca-F、Si-O、Ca-O鍵長(zhǎng)不變,提高CaF2含量有利于降低網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)聚合度提高保護(hù)渣流動(dòng)性.

摘要： 一直以來,油氣成藏與烴源巖的成熟度密切相關(guān),油藏地球化學(xué)在示蹤油氣運(yùn)移方向、優(yōu)勢(shì)充注途徑以及潛在烴源灶等方面具有定位"衛(wèi)星"油氣藏的重要作用.芳烴在評(píng)價(jià)烴源巖和油氣成熟度方面具有較寬的化學(xué)動(dòng)力范圍而備受矚目.

摘要： 本次研究利用分子動(dòng)力學(xué)方法(MD)，模擬了混合烴類分子在納米狹縫中的吸附行為，分析了烴類組分在礦物狹縫和有機(jī)質(zhì)狹縫中的吸附密度特征及其受溫度條件的影響，得到了如下結(jié)論:單位面積石英與石墨烯吸附能力分別為1.126mg/m2與1.396mg/m2，有機(jī)質(zhì)吸附能力大于礦物吸附能力；在混合油中各組分的吸附取決于它自身的性質(zhì)；在頁巖中，頁巖油吸附相密度隨溫度的降低而增加，溫度對(duì)大分子化合物吸附量影響更大。因此，熱處理可能為我們提高從頁巖油采收率的一個(gè)潛在方法。

摘要： 通過本研究，發(fā)現(xiàn)淀粉能夠緊密的結(jié)合到石墨烯上，從而提高石墨烯水溶液的穩(wěn)定性。這種淀粉化的石墨烯分子同樣能夠賦予石墨烯很多可修飾的位點(diǎn)，有望在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域發(fā)揮作用。

摘要： 本發(fā)明涉及一種基于計(jì)算機(jī)模擬配體分子與靶標(biāo)受體反應(yīng)并計(jì)算預(yù)測(cè)該反應(yīng)的熱力學(xué)(Thermodynamics)和動(dòng)力學(xué)(Kinetics)參數(shù)的方法及應(yīng)用系統(tǒng)。主要包括：1)設(shè)計(jì)計(jì)算配體分子與靶標(biāo)受體結(jié)合自由能的方法，基于該方法設(shè)計(jì)了多目標(biāo)分子對(duì)接方法并開發(fā)出其應(yīng)用系統(tǒng)；2）采用該系統(tǒng)對(duì)配體分子與靶標(biāo)受體相互作用模式的模擬和采樣、獲取結(jié)合自由能評(píng)分，據(jù)模擬采樣結(jié)果構(gòu)建配體分子與靶標(biāo)受體的結(jié)合自由能勢(shì)能面的方法系統(tǒng)；3)根據(jù)勢(shì)能面獲取配體分子與靶標(biāo)受體識(shí)別反應(yīng)路徑的方法系統(tǒng)；4)確定反應(yīng)的活性位點(diǎn)和過渡態(tài)位點(diǎn)來計(jì)算出熱力學(xué)與動(dòng)力學(xué)參數(shù)。本發(fā)明為藥物研發(fā)提供重要依據(jù)與預(yù)測(cè)評(píng)價(jià)手段，有望提高藥物研發(fā)效率并大幅度節(jié)省實(shí)驗(yàn)費(fèi)用，成為藥物研發(fā)的有效輔助工具。

摘要： 本發(fā)明涉及一種基于計(jì)算機(jī)模擬配體分子與靶標(biāo)受體反應(yīng)并計(jì)算預(yù)測(cè)該反應(yīng)的熱力學(xué)(Thermodynamics)和動(dòng)力學(xué)(Kinetics)參數(shù)的方法及應(yīng)用系統(tǒng)。主要包括：1)設(shè)計(jì)計(jì)算配體分子與靶標(biāo)受體結(jié)合自由能的方法，基于該方法設(shè)計(jì)了多目標(biāo)分子對(duì)接方法并開發(fā)出其應(yīng)用系統(tǒng)；2）采用該系統(tǒng)對(duì)配體分子與靶標(biāo)受體相互作用模式的模擬和采樣、獲取結(jié)合自由能評(píng)分，據(jù)模擬采樣結(jié)果構(gòu)建配體分子與靶標(biāo)受體的結(jié)合自由能勢(shì)能面的方法系統(tǒng)；3)根據(jù)勢(shì)能面獲取配體分子與靶標(biāo)受體識(shí)別反應(yīng)路徑的方法系統(tǒng)；4)確定反應(yīng)的活性位點(diǎn)和過渡態(tài)位點(diǎn)來計(jì)算出熱力學(xué)與動(dòng)力學(xué)參數(shù)。本發(fā)明為藥物研發(fā)提供重要依據(jù)與預(yù)測(cè)評(píng)價(jià)手段，有望提高藥物研發(fā)效率并大幅度節(jié)省實(shí)驗(yàn)費(fèi)用，成為藥物研發(fā)的有效輔助工具。

摘要： 一種基于分子動(dòng)力學(xué)模擬測(cè)試碳納米管力學(xué)性能的方法，屬于納米材料技術(shù)領(lǐng)域，更具體地說，涉及一種碳納米管力學(xué)性能分子動(dòng)力學(xué)模擬的方法。在分子動(dòng)力學(xué)模擬中使用“彈簧”作為加載工具，實(shí)現(xiàn)對(duì)碳納米管加載；并根據(jù)牛頓第三定律，通過統(tǒng)計(jì)“彈簧”上所受的力，得到碳納米管所受的載荷。本發(fā)明可以高效、準(zhǔn)確地得到碳納米管相關(guān)力學(xué)性能及參數(shù)，從而避免了由實(shí)驗(yàn)帶來的成本以及規(guī)避實(shí)驗(yàn)中的諸多不確定因素。

摘要： 本發(fā)明提供一種非平衡分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算分子擴(kuò)散系數(shù)的方法，該方法單純采用分子動(dòng)力學(xué)模擬直接計(jì)算出混合物中各組分沿?cái)U(kuò)散方向的濃度梯度及擴(kuò)散通量，從而能夠精確的計(jì)算出各組分的分子擴(kuò)散系數(shù)；本發(fā)明方法與雙控制體積巨正則分子動(dòng)力學(xué)(DCV?GCMD)模擬方法相比，本發(fā)明有效的提高了模擬效率，而且顯著的降低了模擬程序編寫中的難度。

摘要： 本發(fā)明公開一種用分子動(dòng)力學(xué)模擬誘導(dǎo)聚合物鏈取向結(jié)晶以及拉伸力學(xué)破壞的方法。建立聚合物的分子模型，設(shè)定原子的初始位置、速度和力場(chǎng)。體系總能量包含動(dòng)能和勢(shì)能兩部分，其中動(dòng)能和溫度有關(guān)，而勢(shì)能主要包括成鍵和非鍵相互作用，即鍵伸縮能、鍵角彎曲能、二面角扭轉(zhuǎn)能和范德華相互作用能。采用周期性邊界條件，依次對(duì)體系進(jìn)行能量?jī)?yōu)化、NVT和NPT平衡，進(jìn)行非等溫結(jié)晶模擬。用GROMACS軟件對(duì)體系進(jìn)行單軸恒力拉伸取向結(jié)晶；然后用LAMMPS軟件恒速拉伸，研究結(jié)晶聚合物的應(yīng)力應(yīng)變，及對(duì)溫度和拉伸速率的依賴性。本發(fā)明利用計(jì)算機(jī)模擬方法，克服了實(shí)驗(yàn)局限，實(shí)時(shí)觀察到取向結(jié)晶和拉伸過程中微晶的演變，結(jié)論與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)吻合。

摘要： 一種基于分子動(dòng)力學(xué)模擬測(cè)試碳納米管力學(xué)性能的方法，屬于納米材料技術(shù)領(lǐng)域，更具體地說，涉及一種碳納米管力學(xué)性能分子動(dòng)力學(xué)模擬的方法。在分子動(dòng)力學(xué)模擬中使用“彈簧”作為加載工具，實(shí)現(xiàn)對(duì)碳納米管加載；并根據(jù)牛頓第三定律，通過統(tǒng)計(jì)“彈簧”上所受的力，得到碳納米管所受的載荷。本發(fā)明可以高效、準(zhǔn)確地得到碳納米管相關(guān)力學(xué)性能及參數(shù)，從而避免了由實(shí)驗(yàn)帶來的成本以及規(guī)避實(shí)驗(yàn)中的諸多不確定因素。

摘要： 本發(fā)明提供了一種計(jì)算氣體分子擴(kuò)散系數(shù)的分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算方法，包括油紙絕緣界面與氣體小分子混合模型的構(gòu)建、平衡模擬、仿真計(jì)算和繪制曲線，擬合后直線斜率K即為氣體分子擴(kuò)散系數(shù)。并且，通過對(duì)油紙絕緣模型進(jìn)行升溫實(shí)驗(yàn)，絕緣紙產(chǎn)氣速率與模型計(jì)算出的擴(kuò)散系數(shù)增長(zhǎng)趨勢(shì)吻合度較高，使用此方法計(jì)算氣體小分子擴(kuò)散系數(shù)具有可行性，可為研究多物理場(chǎng)下氣體分子的遷移特性提供支持。

摘要： 本發(fā)明公開了一種基于分子對(duì)接與分子動(dòng)力學(xué)模擬的篩選Glyburide作為AIBP抑制劑的應(yīng)用，用于抑制AIBP與apoA?Ⅰ的相互作用，從而抑制膽固醇從細(xì)胞中流出。本發(fā)明通過同源模擬獲得AIBP的結(jié)構(gòu)，基于老藥新用的思路將FDA已認(rèn)證藥物通過分子對(duì)接與分子動(dòng)力學(xué)模擬進(jìn)行虛擬篩選，發(fā)現(xiàn)Glyburide可以穩(wěn)定的結(jié)合在AIBP與apoA?Ⅰ的結(jié)合界面。或可抑制膽固醇從細(xì)胞中流出，挖掘Glyburide的新用途。本發(fā)明不僅為AIBP靶向抑制劑的快速開發(fā)提供了新的范例，而且還為Glyburide作為脂質(zhì)代謝藥物提供了新的角度。

摘要： 本發(fā)明提供一種非平衡分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算分子擴(kuò)散系數(shù)的方法，該方法單純采用分子動(dòng)力學(xué)模擬直接計(jì)算出混合物中各組分沿?cái)U(kuò)散方向的濃度梯度及擴(kuò)散通量，從而能夠精確的計(jì)算出各組分的分子擴(kuò)散系數(shù)；本發(fā)明方法與雙控制體積巨正則分子動(dòng)力學(xué)(DCV-GCMD)模擬方法相比，本發(fā)明有效的提高了模擬效率，而且顯著的降低了模擬程序編寫中的難度。

摘要： 一種基于非球形分子動(dòng)力學(xué)模擬出的磁流體光柵及模擬方法，屬于計(jì)算機(jī)分子模擬技術(shù)領(lǐng)域；方法：1)在軟件上建立一個(gè)磁流體系統(tǒng)模型；2)計(jì)算在作用半徑內(nèi)每?jī)蓚€(gè)磁性粒子的力和力矩；3)根據(jù)磁性粒子的力和力矩，計(jì)算粒子的速度與角速度；4)計(jì)算磁性粒子在一段時(shí)間后的位置和指向；本發(fā)明基于非球形分子動(dòng)力學(xué)方法，只需要根據(jù)體積分?jǐn)?shù)計(jì)算出磁性粒子的數(shù)量，就可以構(gòu)建出磁流體系統(tǒng)模型，并在磁場(chǎng)環(huán)境下準(zhǔn)確地得到磁流體光柵物理模型；采用的受力函數(shù)與受轉(zhuǎn)矩函數(shù)可以很好地表征磁性粒子的平動(dòng)與轉(zhuǎn)動(dòng)，準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)磁性粒子的位置。