摘要： 利用Materials Studio(MS)軟件對(duì)基于物理表征參數(shù)獲得的神東煤分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行了模擬優(yōu)化和量子力學(xué)計(jì)算.結(jié)果表明:經(jīng)分子力學(xué)優(yōu)化計(jì)算,神東煤分子結(jié)構(gòu)的總能量降低,可獲得合理的立體構(gòu)型;經(jīng)分子動(dòng)力學(xué)優(yōu)化計(jì)算后,可獲得神東煤分子結(jié)構(gòu)的最優(yōu)幾何構(gòu)型,其能量主要為范德華能、鍵扭轉(zhuǎn)能、鍵能、靜電能和鍵角能,而氫鍵的鍵能較低,說明芳環(huán)之間的范德華作用力對(duì)于分子結(jié)構(gòu)有重要意義,氫鍵主要存在于分子間;神東煤分子結(jié)構(gòu)的鍵長(zhǎng)主要集中在0.10 nm～0.16 nm,硫原子的鍵長(zhǎng)最大(0.17 nm),其次為氮原子的鍵長(zhǎng)(0.14 nm和0.15 nm),說明煤中硫原子最容易斷裂,然后是氮原子和氧原子,苯環(huán)由于共軛作用較穩(wěn)定;神東煤分子結(jié)構(gòu)的鍵角主要集中在100°～140°,說明神東煤分子結(jié)構(gòu)中芳環(huán)結(jié)構(gòu)占主體.

摘要： 研究風(fēng)力發(fā)電機(jī)環(huán)氧樹脂-玻璃纖維復(fù)合材料葉片的老化過程,使用有限元分析法對(duì)不同外部環(huán)境條件擾動(dòng)下的老化過程進(jìn)行分析,以提出風(fēng)力機(jī)葉片抗老化對(duì)策.影響環(huán)氧樹脂-玻璃纖維復(fù)合材料結(jié)構(gòu)風(fēng)力機(jī)葉片壽命的因素,包括其本身轉(zhuǎn)速帶來的自重壓彎、風(fēng)力喘振諧振等引起的結(jié)構(gòu)疲勞,該過程可能造成其內(nèi)部節(jié)理發(fā)育,加速其老化過程,影響其壽命.也與風(fēng)力機(jī)葉片的運(yùn)行環(huán)境溫度有關(guān),如高溫帶來的材料分解、低溫帶來的材料化學(xué)鍵釋放、溫差帶來的內(nèi)部熱脹度變化引起的節(jié)理發(fā)育等.可以通過優(yōu)化材料分子力學(xué)復(fù)合結(jié)構(gòu)、對(duì)葉片進(jìn)行主動(dòng)溫控、選擇抗老化表面涂層等對(duì)策進(jìn)行風(fēng)力機(jī)葉片抗老化處理.

摘要： 銅是生物體中含量第二多的過渡金屬元素.含銅酶的數(shù)量和種類眾多,在生物體中分布廣泛,其普遍參與氧氣的傳輸以及活化、電子轉(zhuǎn)移、底物氧化等重要代謝過程.雙銅單加氧酶肽基甘氨酸α羥基化酶(PHM)和多巴胺β單加氧酶(DβM)通過對(duì)相應(yīng)底物C—H鍵立體選擇性羥基化,合成生理學(xué)重要的激素和神經(jīng)遞質(zhì).盡管對(duì)這兩種雙銅單加氧酶已進(jìn)行了大量研究,但是針對(duì)氧氣活化機(jī)制以及底物羥基化的中間體仍有很多爭(zhēng)議.本文主要總結(jié)雙銅單加氧酶PHM和DβM中氧氣活化以及底物羥基化機(jī)理的理論研究進(jìn)展,并與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行比較.

摘要： 對(duì)雙硫氮與三種礦物(黃銅礦、方鉛礦和黃鐵礦)的作用體系分別進(jìn)行了浮選試驗(yàn)、分子力學(xué)模擬計(jì)算和紅外光譜分析研究,純礦物浮選試驗(yàn)表明,雙硫氮對(duì)黃銅礦和方鉛礦有較好的浮選效果,雙硫氮與黃鐵礦的相互作用受OH-影響較大,只有在酸性條件下才能浮選黃鐵礦;人工混合礦試驗(yàn)驗(yàn)證了單礦物試驗(yàn)的結(jié)論,在pH 6 ～ 10、用雙硫氮作捕收劑的條件下,黃銅礦和黃鐵礦的浮選分離達(dá)到了很好的效果.分子力學(xué)模擬計(jì)算結(jié)果和紅外光譜分析較好地解釋了浮選試驗(yàn)的結(jié)果.

摘要： 為了對(duì)合成新型結(jié)構(gòu)和性質(zhì)的含氮雜環(huán)胺類化合物與金屬生成的配合物提供指導(dǎo)，對(duì)含氮雜環(huán)化合物二（2-吡嗪）胺（Hdpza）進(jìn)行了構(gòu)象計(jì)算研究，用量子化學(xué)方法計(jì)算了化合物的穩(wěn)定性、原子電荷布居、前線軌道組成及能量，得到了最穩(wěn)定的分子構(gòu)象信息。這些構(gòu)象中2個(gè)吡嗪環(huán)平面的取向有3種方式：anti - anti、anti - syn 及 syn - syn，與實(shí)驗(yàn)得到單晶結(jié)構(gòu)的分子構(gòu)象基本吻合。

摘要： 通過生物信息學(xué)分析、分子動(dòng)力學(xué)模擬及量子化學(xué)計(jì)算,對(duì)21種鄰對(duì)位取代酚類模式底物與漆酶的結(jié)合能力以及反應(yīng)活性進(jìn)行了探討.生物信息學(xué)結(jié)構(gòu)比對(duì)分析發(fā)現(xiàn)漆酶的活性口袋含有 Asp/Glu206, Asn/His208, Asn264, Gly392和His458等保守的氨基酸殘基(氨基酸殘基編號(hào)以Trametes versicolor漆酶為例, PDB：1KYA)；采用MM-GBSA方法計(jì)算了21種酚類模式底物與T. versicolor漆酶的結(jié)合自由能.分子力學(xué)計(jì)算結(jié)果表明,漆酶與底物的結(jié)合力主要來自Asp206和Asn264等殘基與底物分子形成的分子間氫鍵,并且Phe265殘基和酚類底物的芳香環(huán)形成仔-仔相互作用.量子化學(xué)計(jì)算表明,芳環(huán)上取代基的推拉電子效應(yīng)顯著影響協(xié)同電子轉(zhuǎn)移的底物去質(zhì)子化過程,其中推電子能力較強(qiáng)的-NH2,-OH,-OCH3和-CH CHCH3等基團(tuán)能夠明顯增強(qiáng)酚羥基反應(yīng)活性,而吸電子的-CONH2和-Cl則具有相反的效應(yīng).%The binding affinity and reactivity between laccase and phenolic substrates were investigated with bioinformatics analysis, molecular dynamics simulation and quantum chemical calculation. Sequence and structure alignments indicate that the substrate-binding pocket of the laccases include certain conserved amino acid(AA) residues, such as Asp/Glu206, Asn/His208, Asn264, Gly392, His458(using the AA sequence number of PDB:1KYA, a laccase from Trametes versicolor). Accordingly, the binding affinity between the laccase and the modeled 21 phenolic substrates were calculated with the MM-GBSA method. As a result of the molecular modeling, the inter-molecular hydrogen bonding between the hydroxyl group and Asp206/Asn264, and theπ-πinteraction between the phenyl group and Phe265 , are essential for binding phenolic substrates to the laccase. The quantum chemistry calculations indicate that electronic effects of the additional substituent groups on the substrates would affect reductivity significantly, in particular for the collaborative deprotonation. The electron-donating groups, such as-NH2 ,-OH,-OCH3 and-CH CHCH3 , enhance the substrate reactivity, while the electron-withdrawing groups not, e. g. C( O) NH2 and-Cl. Our theoretical studies revealed that the binding affinity and reactivity stem from the different physiochemical nature, casting funda-mental insights to future molecular design of laccase-mediator system.

摘要： 利用分子力學(xué)方法研究了季銨鹽(CnTAB)/氧化石墨插層復(fù)合物的層間距、CnTAB分子在氧化石墨層間的分布及插層復(fù)合物價(jià)鍵能、非價(jià)鍵能的變化.模擬結(jié)果表明,隨著CnTAB(n=12,14,16,18)分子數(shù)分別由1個(gè)增加至24、26、28、30個(gè)時(shí),Cn TAB/GO插層復(fù)合物的層間距呈階梯狀(階梯數(shù)分別為4、5、5、6)分別增大至26.4A、30.0A、34.0A、36.5A,并且復(fù)合物的層間距也受碳原子數(shù)的影響;當(dāng)復(fù)合物能量相對(duì)較低時(shí),CnTAB分子呈層狀(最大分別達(dá)到4、5、5、6層)分布在氧化石墨層間;插層復(fù)合物結(jié)構(gòu)優(yōu)化前以范德華能為主,優(yōu)化后以鍵角彎曲能為主,鍵伸縮能、鍵角彎曲能、二面角扭曲能和范德華能來自于氧化石墨和季銨鹽,反轉(zhuǎn)能主要來自于氧化石墨.

摘要： 分別對(duì)黃銅礦—二硫醚、黃鐵礦—二硫醚體系進(jìn)行了分子力學(xué)模擬計(jì)算、純礦物浮選試驗(yàn)研究和人工混合礦試驗(yàn)研究.研究結(jié)果表明,二硫醚對(duì)黃銅礦有較好的選擇性,在中性和弱堿性pH條件下可以浮選分離黃銅礦和黃鐵礦.

摘要： 利用超快紅外光譜實(shí)驗(yàn)、量化計(jì)算以及分子動(dòng)力學(xué)模擬研究了氮乙基丙酰胺(NEP)的動(dòng)態(tài)結(jié)構(gòu).建立了基于分子力學(xué)的靜電頻率轉(zhuǎn)換模型(MM-map),研究了NEP溶液相中酰胺-Ⅰ帶的光譜.利用此MM-map預(yù)測(cè)了一個(gè)β-七肽分子在溶液相中酰胺-Ⅰ帶的靜態(tài)頻率分布.

摘要： 分子力學(xué)模擬建立在經(jīng)典牛頓力學(xué)和統(tǒng)計(jì)熱力學(xué)的基礎(chǔ)上.試樣中的原子被看成一個(gè)個(gè)質(zhì)點(diǎn),通過計(jì)算原子間相互作用力而得到原子不同時(shí)刻的位置、速度等運(yùn)動(dòng)學(xué)量,并統(tǒng)計(jì)整個(gè)體系得到其溫度、壓力等宏觀熱力學(xué)量.由于能清楚地從微觀層面揭示材料一些宏觀行為的機(jī)理,分子力學(xué)模擬方法得到研究學(xué)者的廣泛重視.加之近年來計(jì)算機(jī)硬件性能的飛速提升和大規(guī)模高效率并行分子力學(xué)程序的出現(xiàn),分子力學(xué)模擬能解決的問題尺度已由之前的納米級(jí)提升到微米級(jí).分子力學(xué)模擬已經(jīng)成為連接材料微觀結(jié)構(gòu)和宏觀性能的一個(gè)橋梁,成為力學(xué)問題跨尺度模擬的一個(gè)重要手段.本文我們將以BCC結(jié)構(gòu)單晶鐵為例,分別研究其在單軸拉伸和受到?jīng)_擊載荷作用下的力學(xué)行為及變形機(jī)理.

摘要： 氯酚是一類具有毒性并且在環(huán)境中具有持久性的有機(jī)污染物，對(duì)其危害的認(rèn)識(shí)和生物降解的研究近年來得到了廣泛的關(guān)注。雖然現(xiàn)在已經(jīng)對(duì)氯酚類污染物的降解有了初步認(rèn)識(shí)，然而具體的反應(yīng)機(jī)理還有待進(jìn)一步的研究。本文使用QM/MM方法研究了氯酚加單氧酶(TftD)催化降解2,4,5-三氯苯酚以及2,4,6-三氯苯酚的反應(yīng)降解機(jī)理，得到了反應(yīng)勢(shì)能剖面，探討了反應(yīng)過程的速控步，研究了活性位點(diǎn)部位第二殼層氨基酸對(duì)速控步的影響。計(jì)算結(jié)果顯示，氯酚加單氧酶降解2,4,5-三氯苯酚的速率略高于降解2,4,6-三氯苯酚，降解過程中速控步的能壘分別為16.3 kcal/mol和19.4 kcal/mol，與實(shí)驗(yàn)得到的kcat值(0.67 s-1和0.41 s-1)符合的較好。在探討的11個(gè)氨基酸中，His105,Gln251以及Arg366阻礙速控步反應(yīng)，在不考慮突變失活的情況下，進(jìn)一步突變這三個(gè)氨基酸將能提升酶的催化降解效率。

摘要： 小變形情況下，碳納米管C-C共價(jià)鍵間的相互作用可以用基于分子力學(xué)的宏觀力學(xué)模型進(jìn)行模擬．rn 其中，基于分子結(jié)構(gòu)力學(xué)的等價(jià)結(jié)構(gòu)力學(xué)模型是最為有效的碳納米管彈性參數(shù)的預(yù)測(cè)模型．現(xiàn)有的碳納米管的等價(jià)結(jié)構(gòu)力學(xué)模型是用具有剛性節(jié)點(diǎn)的空間框架結(jié)構(gòu)模擬碳納米管的原子晶格受力和變形的關(guān)系．根據(jù)碳納米管的原子晶格的變形特點(diǎn)，本文首次提出了一個(gè)用柔性節(jié)點(diǎn)空間框架模擬碳納米管原子晶格鍵角變化的分析模型，再通過應(yīng)變能等價(jià)推導(dǎo)了柔性節(jié)點(diǎn)的等價(jià)抗彎剛度與分子力學(xué)中力常數(shù)的關(guān)系，從而給出了一個(gè)更精確的計(jì)算碳納米管等價(jià)彈性參數(shù)的分子結(jié)構(gòu)力學(xué)模型．文中用ANSYS計(jì)算了不同尺寸的鋸齒型(zigzag)和扶手型(armchair)單壁碳納米管的軸向楊氏模量、泊松比、剪切模量及徑向楊氏模量，分析了碳納米管的尺寸效應(yīng)，并且與其它各種模型所得結(jié)果進(jìn)行了比較．計(jì)算結(jié)果表明，本文所給碳納米管的等價(jià)柔性節(jié)點(diǎn)空間框架模型不僅計(jì)算簡(jiǎn)單、高效，而且準(zhǔn)確；并可以直接推廣到多壁碳納米管等價(jià)彈性模量的計(jì)算及碳納米管的穩(wěn)定和動(dòng)力分析．

摘要： 本文回顧了液晶的分子模擬理論,以及這些理論在粘度系數(shù)研究中的應(yīng)用.全面介紹了應(yīng)用于液晶模擬的分子力學(xué),蒙特卡羅,分子動(dòng)力學(xué)方法.分析了這三種方法的適用性.并討論了使用它們進(jìn)行模擬時(shí)所遇到的問題.全文著重介紹了分子動(dòng)力學(xué)的基本原理,在此基礎(chǔ)上,列舉了應(yīng)用此方法對(duì)液晶旋轉(zhuǎn)粘滯系數(shù)進(jìn)行模擬計(jì)算的兩個(gè)實(shí)例,并對(duì)結(jié)果進(jìn)行了對(duì)比分析.最后我們討論了當(dāng)前工作的一局限性,并指出了今后可能的發(fā)展方向.

摘要： 本文用分子力學(xué)的方法模擬了正烷基硫醇在Cu(111)表面自組裝單層膜的情況,建立了不同碳原子個(gè)數(shù)的正烷基硫醇在Cu(111)面上自組裝時(shí)的三種吸附模型,對(duì)其模擬結(jié)果進(jìn)行了對(duì)照和分析,得出正烷基硫醇分子在Cu(111)上的吸附穩(wěn)定性與其在Cu(111)面上的覆蓋度有一定的關(guān)系.

摘要： 應(yīng)用分子模擬技術(shù)模擬真實(shí)分子體系的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)來尋找目標(biāo)分子,已大大推動(dòng)了新材料的研制進(jìn)程。本文在合成N、N-二羥乙基-3-胺基-2-甲基丙酸甲酯單體的基礎(chǔ)上,利用MP軟件對(duì)分子進(jìn)行了分子力學(xué)優(yōu)化,尋找最優(yōu)構(gòu)型,并進(jìn)行系統(tǒng)構(gòu)象搜索,探討了分子構(gòu)象與能量的關(guān)系。

摘要： 基于間位聚苯(PMP)及其衍生物電子性質(zhì)的主要因素為連接苯環(huán)間扭曲角(Φ)的變化,本文采用分子力學(xué)方法對(duì)PMP及其衍生物的勢(shì)能隨Φ變化規(guī)律進(jìn)行了研究.

摘要： 甘露糖-6-磷酸鹽異構(gòu)化酶是催化果糖-6-磷酸互相轉(zhuǎn)化的異構(gòu)化酶.以磷酸甘露糖異構(gòu)化酶(MPI)的晶體結(jié)構(gòu)為模板對(duì)甘露糖-6-磷酸鹽異構(gòu)化酶的三維結(jié)構(gòu)進(jìn)行了同源模建,并在此基礎(chǔ)上進(jìn)行分子力學(xué)和分子動(dòng)力學(xué)模擬,得到優(yōu)勢(shì)能量構(gòu)象.研究表明甘露糖-6-磷酸鹽異構(gòu)化酶的二級(jí)結(jié)構(gòu)含有13個(gè)α螺旋和18個(gè)β折疊.

摘要： 本文通過量子力學(xué)和分子力學(xué)的計(jì)算,對(duì)所合成的三元膦基羧酸共聚物B134的結(jié)構(gòu)進(jìn)行分析.結(jié)果表明:B134中磷主要以單體-P-單體形式存在,少許磷以H-P-單體形式出現(xiàn),此聚合物是兩種結(jié)構(gòu)的混合物.

摘要： 本發(fā)明屬于計(jì)算二維納米材料技術(shù)領(lǐng)域，提供了一種測(cè)定單層二硫化鉬彈性模量和泊松比的分子力學(xué)方法。通過分子力學(xué)方法測(cè)定了單層二硫化鉬的相關(guān)力學(xué)性質(zhì)，并給出了該材料的尺寸效應(yīng)。本發(fā)明首先建立了單層二硫化鉬的分子力學(xué)理論模型，無(wú)需建立投影輔助結(jié)構(gòu)模型，直接獲得了可以表征任意尺寸單層二硫化鉬彈性模量和泊松比的解析表達(dá)式。本發(fā)明方法不僅可以有效測(cè)出單層二硫化鉬的彈性模量和泊松比，避免了實(shí)驗(yàn)帶來的高昂成本，而且結(jié)果表明單層二硫化鉬隨著特征尺寸的增加逐漸由各向異性材料過渡為各向同性材料。這為基于單層二硫化鉬材料的應(yīng)用提供了重要的理論參考。

摘要： 本發(fā)明屬于計(jì)算二維納米材料技術(shù)領(lǐng)域，提供了一種單層二硫化鉬剪切模量的分子力學(xué)計(jì)算方法。本發(fā)明方法首先構(gòu)建了在剪切載荷下的分子力學(xué)理論模型，推導(dǎo)了表征任意尺寸單層二硫化鉬剪切模量的解析表達(dá)式并得到其剪切模量。此外，本發(fā)明方法通過測(cè)定不同特征尺寸的單層二硫化鉬分子的剪切模量，得到了單層二硫化鉬剪切性質(zhì)的尺寸效應(yīng)，結(jié)果表明剪切模量隨著特征尺寸增大逐漸趨于穩(wěn)定值。不但避免了實(shí)驗(yàn)測(cè)定剪切性質(zhì)帶來的成本和困難，而且為在納米尺度下合理設(shè)計(jì)和構(gòu)建單層二硫化鉬納米元器件提供理論基礎(chǔ)。

摘要： 本發(fā)明涉及一種測(cè)量小分子藥物抑制蛋白核酸互作的單分子力學(xué)方法。首先，設(shè)計(jì)和構(gòu)建基于DNA發(fā)卡結(jié)構(gòu)物的單分子反應(yīng)器。DNA發(fā)卡結(jié)構(gòu)物的莖干部分包含與蛋白互作的基序，把手部分通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)進(jìn)行地高辛和生物素標(biāo)記。其次，制備與DNA互作的蛋白。再次，將DNA發(fā)卡結(jié)構(gòu)物固定在磁珠和玻璃片之間，在微流控反應(yīng)池內(nèi)通過單分子力學(xué)方法進(jìn)行DNA解鏈實(shí)驗(yàn)。最后，系統(tǒng)測(cè)試小分子藥物濃度對(duì)結(jié)合了蛋白的DNA的解鏈反應(yīng)的影響，繪制藥物劑量?響應(yīng)曲線，計(jì)算半數(shù)抑制濃度，評(píng)估小分子藥物對(duì)蛋白核酸互作的藥效。本發(fā)明屬于生物大分子互作和單分子藥理學(xué)領(lǐng)域，為分子生物學(xué)研究、藥物開發(fā)和藥理評(píng)估開發(fā)了一種直接測(cè)量小分子藥物抑制蛋白核酸互作的新方法。

摘要： 本發(fā)明是關(guān)于一種分子系統(tǒng)的分子力學(xué)分析的方法及裝置，其具有可重新配置的特殊用途的硬件，用于分析分子系統(tǒng)。本發(fā)明提供一種加速器，其用于執(zhí)行分子系統(tǒng)的分子力學(xué)計(jì)算，其包括：存儲(chǔ)器，用于存儲(chǔ)分子系統(tǒng)拓?fù)鋽?shù)據(jù)和分子系統(tǒng)原子數(shù)據(jù)，分子系統(tǒng)原子數(shù)據(jù)包括原子類型、點(diǎn)電荷、以及分子系統(tǒng)中每一個(gè)原子的三維坐標(biāo)；處理器，其連接于存儲(chǔ)器，處理器是一個(gè)單片集成電路，其具有被編程的可編程邏輯計(jì)算至少一個(gè)局部相互作用項(xiàng)和計(jì)算非鍵合相互作用項(xiàng)。在一個(gè)可編程邏輯設(shè)備集成電路上進(jìn)行全部的分子力學(xué)計(jì)算。該單片集成電路加速器通過執(zhí)行運(yùn)行時(shí)PLD重新編程來處理分子力學(xué)計(jì)算中的不同的項(xiàng)。

摘要： 本申請(qǐng)公開了一種獲得電荷參數(shù)的方法、分子力學(xué)模擬結(jié)果的方法及裝置，所述獲得電荷參數(shù)的方法包括：獲得目標(biāo)分子的初始靜電勢(shì)電荷；基于目標(biāo)分子和多個(gè)環(huán)境分子構(gòu)建模擬系統(tǒng)；利用初始靜電勢(shì)電荷對(duì)模擬系統(tǒng)進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬，以至少獲得多個(gè)時(shí)刻下的環(huán)境分子的坐標(biāo)信息；基于多個(gè)時(shí)刻下的環(huán)境分子的坐標(biāo)信息以及環(huán)境分子中各個(gè)原子的電荷量獲得目標(biāo)分子的第一靜電勢(shì)電荷；判斷第一靜電勢(shì)電荷與初始靜電勢(shì)電荷是否符合第一預(yù)設(shè)條件；若是，將第一靜電勢(shì)電荷作為目標(biāo)分子被環(huán)境分子環(huán)繞時(shí)的電荷參數(shù)。通過上述方式，本申請(qǐng)能夠通過考慮溶劑分子所處的環(huán)境來擬合獲得電荷參數(shù)，以提升溶劑分子在所處環(huán)境中分子力學(xué)模擬結(jié)果的精確度。

摘要： 本發(fā)明涉及一種測(cè)量CpG毗鄰序列影響蛋白解離時(shí)間常數(shù)的單分子力學(xué)方法。本發(fā)明基于單分子力學(xué)方法，高通量探測(cè)蛋白從同一個(gè)DNA分子上多個(gè)CpG位點(diǎn)的解離事件，對(duì)比分析不同毗鄰序列對(duì)蛋白與CpG位點(diǎn)相互作用的影響。本發(fā)明構(gòu)建了一種包括CpG位點(diǎn)的發(fā)夾結(jié)構(gòu)，其莖干部分含有多個(gè)等距分布的CpG位點(diǎn)，CpG毗鄰序列可按需設(shè)置，譬如CG、GC、AT和TA，對(duì)照DNA發(fā)卡結(jié)構(gòu)的相應(yīng)CpG位點(diǎn)則僅含有一種毗鄰序列，對(duì)比分析蛋白在每個(gè)CpG位點(diǎn)的解離時(shí)間，可精確測(cè)量CpG毗鄰序列如何影響蛋白解離時(shí)間常數(shù)。本發(fā)明可用于高通量實(shí)時(shí)重復(fù)探測(cè)蛋白與不同CpG位點(diǎn)的相互作用時(shí)間和概率，獲得精確的解離時(shí)間常數(shù)，廣泛用于精密分析蛋白核酸相互作用，有助于生命科學(xué)和醫(yī)藥研發(fā)。

摘要： 本發(fā)明涉及一種測(cè)量人端粒精準(zhǔn)長(zhǎng)度的單分子力學(xué)方法。首先，提取目標(biāo)細(xì)胞的基因組DNA；使用組合酶切，消化基因組，保留端粒DNA；分別采用地高辛和生物素對(duì)端粒DNA兩端進(jìn)行親和標(biāo)記，從而獲得可用于單分子力學(xué)測(cè)量的端粒DNA結(jié)構(gòu)。其次，將端粒結(jié)構(gòu)固定于鏈霉親和素包被的磁珠和抗地高辛抗體鋪敷的玻璃表面之間，在單分子儀器上進(jìn)行DNA力學(xué)拉伸實(shí)驗(yàn)。最后，使用蠕蟲模型，對(duì)實(shí)測(cè)端粒長(zhǎng)度進(jìn)行納米與堿基對(duì)之間的長(zhǎng)度轉(zhuǎn)換，即可實(shí)現(xiàn)端粒長(zhǎng)度的精準(zhǔn)測(cè)量。本發(fā)明屬于精密儀器測(cè)量分析與細(xì)胞分子生物學(xué)領(lǐng)域，為細(xì)胞研究、健康篩查和臨床藥物療效評(píng)估開發(fā)了一種直接測(cè)量端粒精準(zhǔn)長(zhǎng)度的新方法。

摘要： 本發(fā)明涉及一種單分子力學(xué)測(cè)試的高效實(shí)現(xiàn)方法，包括下列步驟：通過促動(dòng)器使得樣品池相對(duì)光阱發(fā)生移動(dòng)，捕獲微球；實(shí)時(shí)處理從而監(jiān)視雙光阱，直到雙光阱內(nèi)均為單個(gè)微球；停止促動(dòng)器運(yùn)行，然后控制位移臺(tái)帶動(dòng)樣品池以一定頻率和振幅在水平方向上做簡(jiǎn)諧運(yùn)動(dòng)；單分子力學(xué)測(cè)試與數(shù)據(jù)保存：當(dāng)監(jiān)測(cè)到雙光阱內(nèi)不均為單球時(shí)，若出現(xiàn)多球情況，則通過控制擋板關(guān)閉后再打開，釋放該光阱內(nèi)的微球，隨后通過控制壓電陶瓷反射鏡PM的轉(zhuǎn)動(dòng)從而使可動(dòng)光阱移動(dòng)到復(fù)位位置；若出現(xiàn)無(wú)球情況，則可動(dòng)光阱直接移動(dòng)到復(fù)位位置。

摘要： 本發(fā)明屬于計(jì)算二維納米材料技術(shù)領(lǐng)域，提供了一種單層二硫化鉬剪切模量的分子力學(xué)計(jì)算方法。本發(fā)明方法首先構(gòu)建了在剪切載荷下的分子力學(xué)理論模型，推導(dǎo)了表征任意尺寸單層二硫化鉬剪切模量的解析表達(dá)式并得到其剪切模量。此外，本發(fā)明方法通過測(cè)定不同特征尺寸的單層二硫化鉬分子的剪切模量，得到了單層二硫化鉬剪切性質(zhì)的尺寸效應(yīng)，結(jié)果表明剪切模量隨著特征尺寸增大逐漸趨于穩(wěn)定值。不但避免了實(shí)驗(yàn)測(cè)定剪切性質(zhì)帶來的成本和困難，而且為在納米尺度下合理設(shè)計(jì)和構(gòu)建單層二硫化鉬納米元器件提供理論基礎(chǔ)。

摘要： 本發(fā)明屬于計(jì)算二維納米材料技術(shù)領(lǐng)域，提供了一種測(cè)定單層二硫化鉬彈性模量和泊松比的分子力學(xué)方法。通過分子力學(xué)方法測(cè)定了單層二硫化鉬的相關(guān)力學(xué)性質(zhì)，并給出了該材料的尺寸效應(yīng)。本發(fā)明首先建立了單層二硫化鉬的分子力學(xué)理論模型，無(wú)需建立投影輔助結(jié)構(gòu)模型，直接獲得了可以表征任意尺寸單層二硫化鉬彈性模量和泊松比的解析表達(dá)式。本發(fā)明方法不僅可以有效測(cè)出單層二硫化鉬的彈性模量和泊松比，避免了實(shí)驗(yàn)帶來的高昂成本，而且結(jié)果表明單層二硫化鉬隨著特征尺寸的增加逐漸由各向異性材料過渡為各向同性材料。這為基于單層二硫化鉬材料的應(yīng)用提供了重要的理論參考。